（一）办公室（信访工作办公室）。组织协调机关日常运转，负责重要会议的组织和重要文件的起草工作；负责本系统干部人事、劳动工资、机构编制工作；承担机关文秘、信息、宣传、机要、保密、档案、信访、安全保卫、办公自动化、后勤服务等工作；承担政务公开、政务督查、目标管理、议提案的办理工作；承担机关来信来访接待和处理工作，指导所属单位的信访稳定工作；牵头离退休老同志和退役军人的服务管理工作；配合做好机关国有资产管理工作。
（二）综合规划科（铁路、民航办公室）。组织拟订和综合平衡交通运输行业发展规划、交通运输体系规划；负责拟订公路、水路、铁路、民航专项规划、年度计划，提出有关专项资金投资方案和资金安排意见并监督实施；统筹协调本地邮政行业规划与交通运输规划的衔接，促进邮政与交通资源的整合；承担交通项目前期工作和设计管理工作；协调推进高速公路、铁路、民航项目建设，协调铁路、民航运输工作；负责收集交通行业发展的相关信息、动态，开展调查研究，提出对策建议；负责科技创新，新技术、新成果的推广运用；负责行业招商引资、利用外资；统筹行业统计分析，承担固定资产投资、交通扶贫工作。
（三）财务统计科。组织拟订并监督执行交通运输行业有关资金和财务管理制度；负责编制全区交通运输发展专项资金年度预决算；指导建立健全交通系统财务管理办法及专项资金管理办法，监督各项财务制度及政策的贯彻执行；负责拟订交通经费、专项资金计划，安排全区交通运输行业资金拨付；指导交通行业投融资工作；负责单位预决算编制、执行以及税务、非税等财务管理；指导下属单位预决算编制、会计核算等财务管理相关工作；负责机关及所属单位国有资产管理；负责交通综合统计工作；协助开展交通系统内审工作，负责落实内部审计发现问题的整改。
（四）行政审批科。负责机关行政审批制度改革，指导和规划本系统行政审批工作；按照“三集中、三到位”的要求，相对集中机关有关行政审批事项的受理和审批，组织协调相关事项的论证、审查等工作；组织推进机关政务行政审批服务便民化、标准化和相关电子政务工作；具体管理机关关于开云网站网址窗口；牵头研究交通领域行政许可重难点问题；健全完善本行业行政许可管理制度；负责行政许可印章管理、业务档案、台账、报表等基础资料工作；统筹协调交通运输行业信用体系建设。
（五）建设管理科。拟订全区公路建设的相关政策、制度和标准并监督实施；承担公路建设市场监管工作；负责建设项目程序监督管理工作；按规定对公路建设工程造价进行监督管理；负责全区公路建设项目农民工工资支付的监督管理；按权限承担招投标、施工许可、工程进度、竣工验收等工作的监督管理；承担公路建设信用管理工作。
（六）养护管理科。拟订公路路政、养护相关政策、制度、标准并监督实施；承担全区国、省、县公路养护工程（大中修、改造升级、危桥、危隧、灾后重建）及服务设施的计划编制与下达；监督指导公路养护机构做好国、省、县道养护管理工作；监督指导镇街做好乡、村道养护管理工作；组织对公路养护年度目标的检查与考评；负责公路路网运行监测工作；负责区列养公路路政管理并指导镇街做好乡道、村道路政管理工作；负责全区公路养护市场监管；指导建立覆盖城乡的低碳交通运输体系和以国、省、县道为主体的绿廊系统；协调管理高速公路路政、养护工作；承担养护领域信用管理工作。
（七）港航管理科。负责拟订水路工程建设、维护相关政策、制度和标准并监督实施；承担水路工程建设市场监管工作，按规定对水路工程造价、质量安全进行监督管理；承担港口和航道管理、水上交通安全监管、地方海事行政管理有关工作；指导港口、航道等水路设施的维护及养护工作，指导涉水镇街做好渡口渡船监管工作；拟订地方性渔业船舶检验政策、制度及标准并监督实施，负责渔业船舶检验监督管理和行业指导等工作；承担港航领域信用管理工作。
（八）综合运输管理科（国防交通科）。加强交通运输行业发展统筹管理；拟订道路、水路和城市公共交通运输的相关政策、制度和标准并监督实施；负责公路、水路、铁路、民航、物流、城市公交等综合交通运输协调与衔接，组织编制和监督实施运输发展规划、运力和线网布局规划；组织和监督紧急客货运输和节假日运输工作；承担道路和水路运政、客货市场管理有关工作；协调轨道交通运营管理工作；负责有关道路水路运输经营资质、从业人员资质管理；承担汽车维修行业管理有关工作，指导运输场站管理。负责环保、节能减排、爱国卫生工作；承担交通战备相关工作；承担运输领域信用管理工作；配合做好退役军人的服务管理工作。协调邮政发展相关工作，承担邮政普遍服务、特殊服务和快递服务末端基础设施、邮政业环境污染治理、邮政业安全管理和安全监管（含支撑体系和信息化）及其他邮政公共服务的建设、维护、管理、运营中由区县实施的具体执行事项等职责；邮政领域履职能力建设；承办邮政管理部门交办的其他事项。
（九）安全法制与质量监督科。拟订交通运输行业安全生产监督管理相关政策、制度和标准并监督实施；组织、协调和指导行业安全生产工作；负责行业安全事故统计分析，依法组织或参与有关事故调查处理；承担所属单位安全生产监督管理工作；组织推动行业应急救援体系建设，组织、协调和指导相关突发事件的应急处置工作；指导行业安全教育培训及职业病防治工作；监督指导交通运输行业法律、法规、规章和方针政策的贯彻执行；承担有关规范性文件合法性审查工作；指导监督交通综合行政执法和队伍建设；承办相关行政复议、行政应诉工作；负责法制宣传、社会治安综合治理工作；负责监督检查建设各方贯彻执行有关交通工程质量管理方针、政策、法律、法规、标准、规范情况；负责监督检查本地区交通工程建设各方质量安全保证体系以及责任制度；参与工程竣（交）工验收；参与一般工程质量事故调查处理，仲裁工程质量问题争端；负责公路工程安全备案管理；承担质监领域信用管理。
（十）机关党委。负责交通运输行业基层党组织建设、班子建设和党员管理、教育工作；负责指导推动道路运输领域网约车司机、货车司机群体党建工作；负责干部理论学习和职工思想教育、党风廉政建设、精神文明建设工作；负责交通系统统战、宣传思想、意识形态等工作；领导群团工作；负责内部审计工作，负责督促落实内部审计发现问题的整改。
